流水线生产方式的不完美，它至少存在以下不完美的地方：

　　第一，为了追求分工专业化的效率，它往往被分解成很多的工序，相应地需要较多的作业者，而且这些作业者从事的是较枯燥的、简单的、重复性的工作。有人指责亨利·福特的流水线式生产侮辱了原先生产者作为“手艺人”的荣誉。人是有思维能力的，流水线上的作业者也会有自己的想法，并经常把这些想法带到工作中，以至于亨利·福特本人为此曾感慨：“我只需要每个人的一双手，可是他们却把脑袋也带来了。”

　　第二，为了实现流水线的顺畅运转，需要进行生产线平衡，也就是生产线流动要保持一定的“节拍”，这个节拍由传送带的移动速度控制。而为了达到总体的协调和效率，在局部必须有效率的损失，也就是“平衡率”几乎不可能得到1，流水线平衡率与1的差距就是流水线的效率损失。

　　第三，为了使作业者能够在传送带边上的作业台排开以实现流水作业，流水线生产通常要求较大的面积。

　　而最大的问题是，为了得到最高的生产效率，流水线必须尽可能地保持一直运转。可以极端化地想象一下，还是上面那个例子，一个不分工时需要30分钟的工作，通过流水线生产可以缩短到21分钟完成，但是需要7个人同时作业。如果只生产1件产品的话，那么需要的工作量就是21×7＝147人·分钟，远远超出原来30人·分钟。对于流水线式生产来说，生产的批量越大，流水线越是正常运转，效率的优势就越明显，反过来，如果生产的批量较小，则效率优势不明显，乃至丧失。因为每一次产品的变更，都需要重新的工作研究以及生产的重新安排，并需要相应的培训。尽管培训可能比较简单，但是要得到好的生产线安排，工作研究工作要细致，才能使得生产线的平衡率较高。所以，流水线生产方式最适合的大规模生产的情况，福特将它的这种优势发挥到了极致，而决定只生产一种车型——T型车，流水线的效率就可以达到最高。

　　而为了保持流水线的效率，它不能轻易停工，即使在生产中发现了诸如质量方面的一些问题。有了质量问题，就标记出来等待产品到了流水线的末端进行返修。因此，福特流水线的末端有很大的场地供返修车停放。而很多时候，质量问题不是个别的，而是系统性的，因此，到生产线末端再返修可能会遇到很多同样原因造成的质量问题，导致巨大的浪费，这是效率的巨大损失。